Oι κατακόμβες βρίσκονται κοντά στο χωριό της Τρυπητής, σε σπηλιές 150 μέτρων πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας.

Το 2009 η Ιερά Σύνοδο ανακήρυξε τη Μήλο ως ιερό νησί, μιας και οι Κατακόμβες αποτελούν το αρχαιότερο μνημείο της χριστιανοσύνης. Ήταν ο πρώτος τόπος συγκέντρωσης των πρώτων Χριστιανών και το πρώτο κοινοτικό νεκροταφείο στα τέλη του 2ου μ.Χ. αιώνα. Οι Κατακόμβες της Μήλου είναι μοναδικές σε μέγεθος σε όλο τον Ελλαδικό χώρο και από τα πιο γνωστά και αξιόλογα Χριστιανικά μνημεία παγκοσμίως, μαζί με τις κατακόμβες της Ρώμης και των Αγίων Τόπων.

Το δαιδαλώδες αυτό συγκρότημα αποτελείται από τρεις μεγάλες -αρχικά ανεξάρτητες- υπόγειες στοές (Α,Β,Γ) λαξευμένες στο πορώδες ηφαιστειογενές πέτρωμα, από πέντε διαδρόμους και έναν ορθογώνιο νεκρικό θάλαμο στη μορφή των cubicula των Κατακομβών της Ρώμης. Η κάθε κατακόμβη έχει διαφορετικό πλάτος (1-5 μέτρα) και διαφορετικό ύψος (1,60-2,50 μέτρα). Το συνολικό του μήκος είναι 185 μέτρα και σήμερα σώζονται στα τοιχώματα των στοών 126 «αρκοσόλια» (λαξεμένοι αψιδωτοί τάφοι.) Τα αρκοσόλια ήταν χρωματικά διακοσμημένα (κόκκινη ταινία στην στεφάνη και βαθύ μπλε χρώμα στην επιφάνεια του τυμπάνου), αλλά σήμερα σώζονται ελάχιστα ίχνη από τον χρωματικό τους διάκοσμο.

Είναι επισκέψιμες καθημερινά 08:30-18:30, Κυριακή 08:30-15:00. Δευτέρα Κλειστά.